"Mật mã Lyoko" kể về một nhóm gồm năm học sinh trường trung học cơ sở Kadic, đó là Aelita Stone, Jeremy Belpois, Ulrich Stern,Yumi Ishiyama và Odd Della Robbia. Những học sinh này du hành tới thế giới ảoLyoko - thế giới trong một siêu máy tính đặt trong tầng hầm của một nhà máy bịbỏ hoang gần Kadic - để đấu tranh chống lại một thực thể số tên là Xana - kẻluôn muốn thống trị thế giới. Xana không chỉ có khả năng khống chế máy tính và mạng lướiđiện toàn cầu mà còn kiểm soát được con người trong thế giới thực thông quaviệc họ tiếp xúc với các thiết bị này. Cuối phần 3, nhóm kết nạp thêm một người nữa đó là William Dunbar - học sinh mới chuyển tới trường Kadic vào phần 2.Ngay trong lần đầu tiên vào Lyoko (tập 65), William đã bị Xana khống chế và trởthành vũ khí để Xana chống lại nhóm Jeremie từ đó. Phần 4, nhóm bạn của Jeremiephải tìm cách đánh bại Xana và cứu William ra khỏi thế giới ảo đó.