Câu chuyện xoay quanh hai anh em nhà Elric, Edward và Alphonse. Cha của Ed và Al đã bỏ nhà để theo đuổi giả kim thuật từ khi hai người còn rất nhỏ, vì thế đối với cả hai anh em thì mẹ là gia đình duy nhất. Khi mẹ mất – lúc Ed chỉ mới 10 tuổi và Al 9 tuổi – hai anh em đã phạm vào điều cấm kị khi quyết định hồi sinh mẹ bằng giả kim thuật. Kết quả là chẳng những không hồi sinh được mẹ mà Edward mất một chân và Alphonse mất cả linh hồn và thể xác. Ed đã hi sinh một cánh tay để đưa linh hồn Alphonse trở về trong một bộ áo giáp sắt. Trước hậu quả đau thương đó, Ed và Al từ bỏ ước mơ hồi sinh mẹ, và bắt đầu cuộc hành trình để tìm lại những gì đã mất. Họ khám phá ra chìa khoá để hoàn thành ước nguyện của mình là Hòn đá Triết gia – The Philosopher’s Stone, nhưng muốn tạo ra Hòn đá đó phải trả một cái giá rất đắt. Cũng trên con đường đi tìm lại thân thể, Ed và Al đã phát hiện một bí mật kinh khủng về Giả kim thuật và Hòn đá Triết Gia.