Câu chuyện chính là một phần phụ của Puella Magi Madoka Magica, diễn ra tại một thành phố phồn thịnh đang phát triển Kamihama được dẫn dắt bởi một thứ sức mạnh kỳ lạ, các cô gái phép thuật đã tập trung đến thị trấn này và chiến đấu chống lại thứ sức mạnh kỳ lạ đó từ các tên phù thủy. Iroha Tamaki đã đến thị trấn và tham gia cùng các cô gái để tìm ra cô em gái mất tích của mình, Ui. Không bao lâu sau, Homura Akemi cũng đã đến đây.