Vào năm 2012, Nhật Bản đã bị xâm chiếm bởi Mu. Những sinh vật giống người đến từ chiều không gian khác với máu xanh. Vào năm 2015, Tokyo bị tấn công bởi những kẻ xâm lược, những người bị đẩy lùi bởi một vũ khí hình người có tên là Dolem. Trong lúc hỗn loạn, Ayato Kamina gặp Reika Mishima, một người bạn cùng lớp. Trong cùng ngày hôm đó, anh ta bị tấn công bởi các quan chức chính phủ, nhưng một người phụ nữ tên Haruka đến giải cứu anh ta, thông báo với anh ta rằng cô ta đã được Tổ chức TERRA gửi đến để bắt anh ta và Tokyo đã bị phong ấn trong một thời gian rạn nứt. nhanh như thế giới bên ngoài. Anh chạy trốn từ Haruka lên một chuyến tàu nơi anh gặp Reika một lần nữa. Đến phòng của La Mã, anh theo cô đến một quả trứng to lớn nơi Dolem RahXephon được nở ra và khi cô hát, mẹ anh xuất hiện trên đỉnh Dolem đã ngăn chặn cuộc xâm lược TERRA. Trong trận chiến, mẹ của Ayato bị thương và Ayato chạy trốn khỏi Tokyo Jupiter cùng với Haruka.