Nhân loại cuối cùng cũng phải đối mặt với mối đe dọa từ các Thần hộ mệnh - loài cổ đại, có tri giác chịu trách nhiệm nguyền rủa loài người nói các ngôn ngữ khác nhau hàng nghìn năm trước. Những người sử dụng Symphogear — Hibiki Tachibana, Tsubasa Kazanari, Chris Yukine, Maria Cadenzavna Eve, Kirika Akatsuki và Shirabe Tsukuyomi — được gửi đến Nam Cực để lấy một di tích cổ. Sau khi bảo vệ nó và giải cứu các nhân viên khoa học có mặt ở đó khỏi một Coffin, cơ chế phòng thủ tự động bảo vệ nó, thánh tích được trao cho các nhà nghiên cứu Mỹ do các thỏa thuận quốc tế. Tổ chức tội phạm Noble Red, tàn tích của Bavarian Illuminati đã chiến đấu trước đó, bắt đầu nhắm mục tiêu vào khu di tích. Liệu những người sử dụng Symphogear và tổ chức hỗ trợ của họ SONG có thể lật tẩy kế hoạch của các tổ chức âm mưu chống lại họ không?