Sau một năm ở Mỹ, Kurisu Makise trở lại Akihabara và tái hợp với Rintarou Okabe. Tuy nhiên, cuộc hội ngộ của họ bị cắt ngắn khi Okabe bắt đầu trải qua những lần chớp nhoáng của các mốc thời gian khác khi hậu quả của việc du hành thời gian của anh bắt đầu rõ ràng. Những tác dụng phụ này cuối cùng lên đến đỉnh điểm ở Okabe đột nhiên biến mất khỏi thế giới và chỉ có Kurisu giật mình mới có bất kỳ ký ức nào về sự tồn tại của mình. Giữa lúc tuyệt vọng, Kurisu phải đối mặt với một lựa chọn thực sự gian khổ sẽ kiểm tra cả nhiệm vụ của mình là một nhà khoa học và lòng trung thành của cô như một người bạn: làm theo lời khuyên của Okabe và tránh xa thời gian để tránh những hậu quả tiềm tàng mà nó có thể gây ra thế giới, hoặc bỏ qua nó để giải cứu người mà cô ấy trân trọng nhất. Bất kể quyết định của cô là gì, con đường cô chọn là một con đường sẽ ảnh hưởng đến quá khứ, hiện tại và tương lai.