Mặc dù thất bại của Quinella, pontifex của Giáo hội Axiom, mọi thứ dường như vẫn chưa thể bình tĩnh lại. Khi tiếp xúc với thế giới thực, Kazuto "Kirito" Kirigaya phát hiện ra rằng Rùa biển Ocean, một chiếc phao khổng lồ được điều khiển bởi Rath Rev đã bị đột kích. Do bị chập điện đột ngột do những kẻ đột kích gây ra, đèn pha của Kirito bị hỏng, khiến anh hôn mê. Cảm thấy không an tâm về những người ở Nhà thờ Axiom, Alice đưa Kirito bất tỉnh trở về làng quê của họ Rulid Village, coi thường sự xua đuổi của cô vì một tội ác chưa được giải quyết. Giờ đây, Alice đang sống một cuộc sống bình thường và yên bình gần làng, mong muốn Kirito thức dậy. Tuy nhiên, bi kịch ập đến khi Alice nhận thấy Lãnh thổ bóng tối đã bắt đầu xâm chiếm Đế chế loài người. Tái khẳng định bí danh trước đây của mình, Alice Synt tổng hợp Ba mươi, cô hứa sẽ đánh bại Lãnh thổ bóng tối để bảo vệ thế giới mà Kirito và Eugeo đã làm việc rất chăm chỉ để bảo vệ.